Stanowi składnik pegmatytów i utworów hydrotermalnych. Spotyka się go w geodach wśród melafirów i jako otoczaki w aluwiach rzecznych. Występuje w bogatych w krzem pegmatytach, gdzie często towarzyszą mu turmalin, beryl i mika.
Świat:
- Brazylia: Campo Belo, Sete Lagoas, Minas Gerais, Rio Grande do Sul – wydobywa się najczystsze i największe kryształy cytrynu.
- Rosja: Ural
- Madagaskar.
- W innych złożach rzadko spotyka się okazy o wartości jubilerskiej:
Kazachstan, Wielka Brytania, Francja, Włochy, Hiszpania.
Polska:
- Okolice Jeleniej Góry i Nowej Rudy w Sudetach.
Występowanie kwarców, z których otrzymuje się cytryny poprzez obróbkę cieplną:
Madagaskar, w Brazylia, USA (Kolorado), Birma, Hiszpana, Namibia, Szkocja i w Rosja.