Wzór chemiczny: przedstawiany jest w różny sposób. najpopularniejszy to apatyt fluorowy – Ca5 /F, (PO4)3/. Skład może się zmieniać: „F” może być zastąpiony przez „Cl” (apatyt chlorowy), grupę OH (hydroksylowy), obok anionu fosforanowego może znalezęć się węglanowy, jon Ca może być zastąpiony przez stront i pierwiastki ziem rzadkich.
Apatyt zawiera teoretycznie 42,26% P2O5, 3,78% F i 50,3-55,9% CaO.
Układ krystalograficzny: heksagonalny, klasa bipiramidy heksagonalnej, tworzy kryształy sześcioboczne, o pokroju słupkowym, rzadziej igiełkowym lub tabliczkowym. Często występuje w formie skupień zbitych, ziarnistych, nerkowatych, zdarza się, że masa kryształów osiąga kilkaset kilogramów. Najczęściej mają one postać drobnych submikroskopowych igiełek. Tworzy też naskorupienia, skupienia sferolityczne i ziemiste
Twardość: 5
Łupliwość: wyraźna, minerał kruchy
Rysa: biała
Przełam: nierówny, muszlowy
Gęstość: 2,9 do 3,23 g/cm3
Barwa: najczęściej bezbarwny, żółty, niebieski, zielony, fioletowy, czerwony, biały, szary , brunatny
Połysk: szklisty, żywiczny
Wykazuje fluorescencję o bardzo różnych barwach. Jest izostrukturalny z mimetezytem, piromorfitem, wanadynitem. Stosunkowo twardy, daje się zarysować szkłem , stalą zwykłą oraz stalą narzędziową.
Apatyt rozpuszcza się w silnych kwasach nieorganicznych (HCl, HNO3), a odmiany węglanowe również w słabych kwasach organicznych (cytrynowym).
